Real Madrid se bo v drugem delu pomeril s Montepaschi Siena, Maccabijem in Efes Pilsenom v skupini F. Prvi dve ekipi iz skupine se bosta nato uvrstili v četrtfinale.
| EUROLIGA TOP 16 | |
| SKUPINA E | SKUPINA F |
| FC Barcelona (Španija) | REAL MADRID (Španija) |
| Panathinaikos (Grčija) | Montepaschi (Italija) |
| Partizan (Srbija) | Maccabi (Izrael) |
| Marusi (Grčija) | Efes Pilsen (Turčija) |
| SKUPINA G | SKUPINA H |
| CSKA Moscow (Rusija) | Olympiacos (Grčija) |
| Unicaja Malaga (Španija) | Caja Laboral (Španija) |
| Zalgiris Kaunas (Litva) | Khimki Moscow (Rusija) |
| Cibona Zabreg (Hrvaška) | Asseco Prokom (Polska) |
| ČETRTFINALE | |
| 1 iz skupine E – 2 iz skupine F | 1 iz skupine F – 2 iz skupine E |
| 1 iz skupine G – 2 iz skupine H | 1 iz skupine H – 2 iz skupine G |
Top 16 bo potekal med 27. januarjem in 11. marca 2010. Prvi dve ekipi iz vsake skupine se bosta uvrstili v četrtfinale, zmagovalci četrtfinalnih obračunov na dve zmagi pa bodo napredovali na zaključni turnir, ki bo od 7. do 9. maja v Parizu.
Real Madrid
Villarreal
Barcelona
Atlético Madrid
Espanyol
Getafe
Real Betis
Alavés
Elche
Rayo Vallecano
Athletic Club
Celta Vigo
Sevilla
Real Sociedad
Osasuna
Mallorca
Levante
Valencia
Real Oviedo
Girona
PSG
Bayern M.
Inter
Arsenal
Borrusia D.
Man. City
Newcastle
Liverpool
Chelsea
Sporting
Qarabag
Galatasaray
Tottenham
PSV
Atalanta
Marseille
Club Brugge
Eintracht F.
Napoli
Union SG
Juventus
Bodø/Glimt
Monaco
Slavia Prague
Pafos
Bayer L.
København
Olympiakos
Kairat
Benfica
Ajax
