Real Madrid se bo v drugem delu pomeril s Montepaschi Siena, Maccabijem in Efes Pilsenom v skupini F. Prvi dve ekipi iz skupine se bosta nato uvrstili v četrtfinale.
| EUROLIGA TOP 16 | |
| SKUPINA E | SKUPINA F |
| FC Barcelona (Španija) | REAL MADRID (Španija) |
| Panathinaikos (Grčija) | Montepaschi (Italija) |
| Partizan (Srbija) | Maccabi (Izrael) |
| Marusi (Grčija) | Efes Pilsen (Turčija) |
| SKUPINA G | SKUPINA H |
| CSKA Moscow (Rusija) | Olympiacos (Grčija) |
| Unicaja Malaga (Španija) | Caja Laboral (Španija) |
| Zalgiris Kaunas (Litva) | Khimki Moscow (Rusija) |
| Cibona Zabreg (Hrvaška) | Asseco Prokom (Polska) |
| ČETRTFINALE | |
| 1 iz skupine E – 2 iz skupine F | 1 iz skupine F – 2 iz skupine E |
| 1 iz skupine G – 2 iz skupine H | 1 iz skupine H – 2 iz skupine G |
Top 16 bo potekal med 27. januarjem in 11. marca 2010. Prvi dve ekipi iz vsake skupine se bosta uvrstili v četrtfinale, zmagovalci četrtfinalnih obračunov na dve zmagi pa bodo napredovali na zaključni turnir, ki bo od 7. do 9. maja v Parizu.
